中药超微粉碎机因其粉碎的对象是中药，因此在不破坏药物性能的基础上进行粉碎还是有一些问题的存在。
　　　　
    首先解决粉体聚集的问题。药物在经超微化后比表面积显著增加，表面能很高，因而有强烈的相互吸引而达到稳定的趋向。为防止粉体的聚集，使其处于单分散状态，可采取适宜的表面处理和包装技术。

    其次解决化学提取过程中存在的技术问题。中药的应用不外乎两种途径：提取入药和直接入药。从提取角度看有两个问题，其一是粉体的分散问题，其二是提取过程中的糊化问题，这就需通过筛选和优化提取工艺参数(包括提取温度、提取时间、提取溶媒的种类等)来解决。

    再次解决体外溶出度测定中的技术问题。从中药直接入药的角度来看，用中药超微粉碎机粉碎而成的制剂，其核心的问题是体外溶出技术的确立。解决此问题的措施是进行筛选溶出介质、溶出方法的方法学考察，指标成分综合选定。

    最后解决药效学验证的技术问题。药效学是说明中药粉碎后对有效成分是否保存及增强药效的最有力的验证手段。对于中药被粉碎后可显著提高药材的药效学活性，还是有待验证研究。　　　　

    目前中药超微粉碎机开始引入气流粉碎技术，通过气流粉碎技术的中药只局限于一些独特名贵的细料中药，气流粉碎机是一种创新的粉碎技术工艺，给中药加工和生产带来了全新的面貌。目前中药超微粉碎机的提取方式越来越简化，提取时间越来越短，中药超微粉碎机的出现大大节约了生产时间和生产周期，提高了中药的原料利用度。